Badachszan to także obszar oddziaływania różnorodnych koncepcji religijnych. W przeszłści obecny był zoroastrianizm, jak również wcześniejsze odmiany kultów solarnych. Gdzieniegdzie znaleźć można wpływy buddyzmu – np. buddyjską stupę w Zong.
Obecnie Pamirczycy są w większości wyznawcami ismailizmu – szyickiego odłamu islamu. Nurt ten można uznać za łągodną odmianę islamu, kładącą większy nacisk na metafizykę nauk zawartych w koranie, niż na dosłowne interpretacje. W przeszłości miał być islamem bardziej hermetycznym, stworzonym dla wybranych, o różnych stopniach wtajemniczenia. Miał również wpływ na formowanie sie bractw sufickich, będących przekleństwem tradycyjnego islamu. Obecnie głową szyizmu ismailickiego jest Aga Chan IV. W Pamirze witany jest zawsze z niezwykłym entuzjazmem, trzeba też przyznać, że większość inwestycji w tym – najuboższym – regionie powstaje z inicjatywy jego fundacji.
Poniżej jak to określają mieszkańcy „święte miejsca”. Zdobione porożami świętych „solarnych” zwierząt Pamiru, kozłów górskich i owiec Marco Polo.